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北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所与医院主体并称“一院三所”，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为教育部批准的国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为原国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。首都医科大学北京眼科学院和耳鼻咽喉科学院设在院内。医院设有世界卫生组织防盲合作中心和世界卫生组织防聋合作中心，附设北京同仁眼库(国际眼库协会会员)。
改革开放以来，医院共获得省部级以上科技成果奖励138项，其中8项，获得国家自然科学基金资助项目253项。
同仁医院历经百余年发展，凝练出“精诚勤和”的医院精神。在新的历史时期，同仁人将继承和发扬百年同仁优良传统，弘扬主流文化，苦练内功，精于内涵，团结一致，创新发展，努力为人民群众提供优质、、快捷的医疗服务。