北京儿童医院保健中心还承担着首都医科大学儿科系学生儿童保健部分的教学工作。并曾多次承担世界卫生组织、儿基会以及国际多中心合作等项目工作。
北京儿童医院拥有教育部儿科学国家重点学科和教学团队，是首都医科大学儿科医学院和儿科学系所在地，现有教授、副教授116人，承担着本科及博士、硕士研究生、七年制儿科专业，护理大专及继续医学教育等多层次教学任务，并设有博士后流动站，每年为社会输送大量儿科人才。
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