首先是建立日常保管制度：
（一）公司印章采取分级保管的制度，各类印章由各岗位专人依职权需要领取并保管。
（二）印章必须由专门保管人妥善保管，不得擅自委托他人保管并在其岗位职责中予以明确。
（三）公章应妥善保管，注意，防止损毁、遗失和被盗。
其次是明确保管人责任：
（一）印章保管人必须妥善保管印章，不得遗失。如遗失，必须及时向公司办公室报告；
（二）必须严格依照公司对印章的使用规定使用印章，未经规定的程序，不得擅自使用；
（三）在使用中，保管人对文件和印章使用单签署情况予以审核，同意的则用印，否决的则退回；
（四）检查印章使用是否与所盖章的文件内容相符，如不符则不予盖章；
（五）在印章使用中违反规定，给公司造成损失的，由公司对违纪者予以处分，造成严重损失或情节严重的，移送有关机关处理。
无论日常的交往，还是法院对纠纷的审查判断中，依据盖章认定有关文件的效力进而确定有关权利义务的归属已经成为一个常识。但每个单位都备有不止一个印章，如企业法人往往备有公章、法人章、财务专用章、合同专用章、发票专用章等。企业印章代表着企业全部或某方面的意志，不正确使用可能会给企业带来巨大的损失。
一般情况下是有效的。特殊情况是有约定合同生效需签字并盖章。《合同法》第三十二条规定：当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。因为法定代表人以公司名义从事民事活动时代表公司，因此仅有法定代表人签字也能使合同成立生效。同理，虽然没有加盖公章，但如果在合同上签字的人得到了公司相应的授权，那么合同一样是有效的。
在法律实践中，公司股东常常因为争夺公司控制权而对公司印章占有和使用产生争议，甚至为此反目成仇。公司股东认为公司印章的持有人可能损害公司利益的，只能依照公司法和公司章程的有关规定，依法召开股东会临时会议，以股东会决议的形式，更换公司法定代表人，进而产生新的公司印章持有人。